Análisis de variabilidad genética en Quercus petraea y Quercus pyrenaica
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Las medidas de la variabilidad genética intraespecífica analizadas con 5 microsatélites nucleares (nSSR) en las poblaciones de Q. petraea y Q. pyrenaica en Montejo de la Sierra (Madrid) dan los valores recogidos en la tabla que sigue:Explicar a qué conceptos se refieren cada una de las iniciales de la primera fila usando como ejemplo alguno o varios de las parejas de valores obtenidos para cualquiera de los locus o su conjunto. Explicar cómo se calculan He y D.
Las iniciales de la tabla responden a los siguientes conceptos:
A: Número de alelos que posee un locus. En el caso de QpZAG36 tiene 22 en Q. petraea y 14 en Q. pyrenaica, mientras que el número es igual en QpZAG9.
AeX: Número de alelos exclusivos. En el locus QpZAG9, aunque ambos tienen 17 alelos solo comparten 14, pues cada una de las especies presenta tres diferentes que no aparecen en la otra.
«He»: Heterozigosidad esperada. Es la que se espera encontrar si se cumple la Ley de Hardy Weinberg. Heterozigosidad esperada para un determinado locus se calcula como H = 1 - S pi2, donde p es la frecuencia del alelo i. Por ejemplo, para un locus con 10 alelos como es el caso de MSQ13 en Q. petraea, sería la suma de las frecuencias de todos sus alelos, el resultado depende principalmente de las frecuencias de los alelos más abundantes; los alelos raros apenas contribuyen en estas medidas. También los genotipos heterocigotos resultan de elevar al cuadrado las frecuencias alélicas, presentes en el resultado de la expresión (p1 + p2 + p3 +… + p10)2.
Siendo pi la frecuencia del alelo MSQ13i. Para i = 1 hasta 10. En el caso de MSQ13 en Q. petraea es de 0,81.
«Ho»: Heterozigosidad observada. Es la frecuencia real, los heterocigotos que se observan al aplicar marcadores a una población. En el caso de MSQ13 en Q. petraea es de 0,81. Igual que la esperada si la población estuviese en equilibrio HW.
«D»: Déficit de heterocigotos (D = He - Ho/He). Mide en qué proporción un determinado locus no cumple todas las condiciones de la Ley de HW. En MSQ13 hay un déficit de heterocigotos muy destacado por los valores que presentan Ho (0,40) y He (0,59).
«D-HW»: Desviación del equilibrio HW. Indica para cada uno de los locus y especies si se encuentran o no en condiciones de equilibrio y el nivel de significación que tiene. Solo en tres locus de los diez existentes no se cumple, en particular, con MSQ13en Q. pyrenaica, no siendo así en este locus en el caso deQ. petraea.
«P Id»: Probabilidad de Identidad en la población adulta. Estima la facilidad de identificar con un 100% de probabilidad los parentales de un individuo entre los adultos a los que se ha identificado su genotipo de la población adulta. El mejor locus es QpZAG110 en Q. pyrenaica, por tener 23 alelos y 7 exclusivos lo que proporciona una gran probabilidad de identificar a sus parentales. Pero esta es del 100% cuando se aplican los 5 locus.